La Pastoral Universitaria es una unidad que junto con el CIDEH (Centro Interdisciplinario de Estudios Humanísticos) hacen parte integral de la Vicerrectoría para la Identidad y el Bienestar Institucional, contribuyendo al fortalecimiento de la cultura Bonaventuriana entendida en el Proyecto de Gestión de la Universidad de San Buenaventura, por medio de la apropiación de la identidad franciscana, servicios de acompañamiento espiritual y pastoral, asistencia integral y solidaridad con la comunidad Bonaventuriana y su zona de influencia externa.